O Colegiado do Programa de Pós-Graduação em Sustentabilidade junto a Povos e Territórios Tradicionais (Col-PCTs) é composto por todos os docentes permanentes e colaboradores do programa. O Col-PCTs conta ainda com um representante do corpo discente, escolhido por eleição direta pelos seus pares. O mandato do representante discente, e de seu suplente, é de um ano, sendo permitida uma recondução consecutiva. As deliberações do Col-PCTs são conduzidas ao Colegiado Único dos programas de pós-graduação da Faculdade UnB Planaltina (FUP), que realiza reuniões ordinárias mensais.